De benaming karper slaat op twee soorten die echter nauwelijks morfologisch verschillen en ook onderling kunnen kruisen, te weten Cyprinus carpio en Cyprinus rubrofuscus. Cyprinus carpio vertegenwoordigd de wilde en gekweekte karpers ten westen van de Kaspische zee en Cyprinus rubrofuscus de oostelijke karpers. De japanse Koi horen dus bij Cyprinus rubrofuscus maar ondertussen hebben al kruisingen met westelijke karpers plaatsgevonden met name met spiegelkarpers, waardoor de zogenaamde doitsu zijn ontstaan

Er bestaan diverse vormen van de karper:

de wilde of boerenkarper
de schubkarper
de edel- of spiegelkarper
de rijenkarper
de leder- of naaktkarper
de volschub spiegelkarper
de goudkarper
de Koi of Nishikigoi

De verschillen worden met name bepaald door het schubbenpatroon; de schub- en wilde karper zijn normaal beschubd, de spiegelkarper heeft enkele abnormaal gevormde grote schubben, de rijenkarper een rij van zulke schubben horizontaal over de flank, de lederkarper heeft slechts enkele schubben (daar waar geen schubben zitten voelt de huid "leerachtig" aan) en de volschub spiegelkarper heeft de grote schubben van een spiegelkarper en is daarmee bijna volledig bedekt.

In Nederland komt in de Zaanstreek en de kop van Noord-Holland een wilde karpersoort, de boerenkarper voor gekenmerkt door een torpedovormig lichaam (geen knik tussen kop en rug) een eindstandige bek en bleke vinnen. Fysiologisch wijken wilde karpers sterk af doordat het visvlees over het hele lichaam roodgekleurd is.

Ook komt in veel gebieden (Zeeland, Flevopolder en Haarlemmermeer veel verwilderde karper voor met een wat meer afgeplat lijf, een knik achter de kop en rode vinnen. Deze karpers planten zich ook al generaties lang gewoon voort en zijn verwilderde nakomelingen van gekweekte karpers met een opmerkelijk uniform uiterlijk.

De naam schubkarper wordt gereserveerd voor gekweekte exemplaren, die veelal nog hoger en breder gebouwd zijn. Gekweekte karpers hebben voor 80% wit vlees. Indertijd zijn door de OVB ook veel schubkarpers uitgezet met 25% wild bloed. Op het ogenblik komen de uitgezette karpers uit allerlei oostbloklanden, zodat de herkomst niet meer duidelijk is. Er bestaan allerlei gekweekte karperrassen met elk hun eigen typische lichaamsvoorm (Galicische karpers, Boheemse karpers et cetera)

Verwante soorten
De kroeskarper (Carassius carassius) heeft geen baarddraden een wat hoog en gedrongen postuur en wordt in het algemeen niet zo heel groot. Deze soort is gemakkelijk te verwarren met de giebel (Carassius gibelio). Ook verwilderde goudvissen komen voor (Carassius auratus). Zeer grote 'kroeskarpers' zijn vaak kruisingen van karper met kroeskarper, herkenbaar aan de zeer kleine baarddraden.

De meest bekende 'chinese karpers' zijn de graskarper (Ctenopharyngodon idella), de grootkopkarper (Aristichthys nobilis) en de zilverkarper (Hypopthalmichthys mollitrix). De graskarper heeft een torpedovormig lichaam en sterke voor in de bek geplaatste lippen.Ze zijn ook eerder verwant met kopvoorns dan met de gewone karper. De graskarper voedt zich voor een groot gedeelte met plantaardig materiaal. De grootkopkarper heeft een grote kop met heel laag geplaatste ogen. De zilverkarper lijkt veel op de grootkopkarper en voedt zich met plankton, dat hij met de kieuwzeef kan uitfilteren.

De Chinese karpersoorten zullen zich hier niet snel voortplanten omdat ze voor hun voortplanting stromend water van meer dan 25 °C nodig hebben.

Ecologische waarde
De karper is net als de brasem een vis die de bodem omwoelt, dit noemt men azen. Vooral in de vroege ochtend direct na zonsopgang kan men dit waarnemen. De vis staat dan vaak rechtop in het water en door het gewoel in de bodem ziet men afhankelijk van de soort bodem trossen kleine dan wel grotere belletjes opstijgen naar de oppervlakte. In ondiep water kan men soms aan de staartvin zien om wat voor vis het gaat. De karper doet dit als hij op zoek is naar eten, voornamelijk planten en waterinsecten. De karper is geen roofvis. In tegenstelling tot de brasem aast karper ook in de ondiepe sterk begroeide gedeeltes van het water en dicht tegen de oever.

Door deze manier van azen worden met name fosfaten in de bodem weer teruggevoerd naar de waterkolom. Bij een voedselrijke bodem en een flinke populatie karper leidt dit tot een voorspoedige groei van de zwevende algen (phytoplankton). Samen met de omgewoelde bodempartikels leidt dit tot het troebel worden van het water en een afname van de onderwaterflora.

Oorsprong van de karper
Er bestaat een sterke consensus over het oorspronkeljke leefgebied van de karper. Dat is het gebied van de rond de Zwarte Zee, de Kaspische Zee en het Aral Meer. Vooral in de delta's van Donau, Illi en de Oeral komt de karper veel voor. Vandaar heeft de karper zich al dan niet met behulp van de mens verspreid van de delta van de Rijn tot aan de Amoer in Noord China en zijn een oostelijke en een westelijke ondersoort ontstaan.Recent genetisch onderzoek heeft aangetoond dat de boerenkarper een wilde karpersoort is die gerekend kan worden tot de wilde Europese karper.

De oudste archeologische resten van de karpers dateren waarschijnlijk uit de twaalfde eeuw. Bij Houten zijn resten van karper gevonden uit materiaal dat op grond van aardewerkdatering uit de elfde of twaalfde eeuw stamt. De eerste historische gegevens zijn wat later; uit 1342.

Er is geen zekerheid over de manier waarop wilde karpers het Rijnstroomgebied hebben weten te bereiken. Oorspronkelijk werd gedacht dat de karpers door de Romeinen en later de kloosterlingen ingevoerd zijn. Gezien de lange periode tussen het begin van de romeinse visteelt en de eerste vondsten van karper in de twaalfde eeuw zou het voor de hand liggen dat de boerenkarpers dan sterke gelijkenis zouden vertonen met de kweekkarpers die we nu kennen en niet met wilde karper. Genetische en morfologische eigenschappen weerspreken dat. Het meest waarschijnlijk is dat wilde karper uit de Donau via onbekende weg ergens in de Middeleeuwen het Rijnstroomgebied heeft weten te bereiken en zich via de rivier verder heeft verspreid.

Een alternatief is dat de karper al sinds prehistorische tijd als relictpopulatie aanwezig was, maar dat zou dan ondersteund moeten worden met archeologisch materiaal. Gezien de goede conservering van visresten in het Westen van ons land en het aantal opgravingen dat al is gedaan ligt dat zeker niet voor de hand. Prehistorische aanwezigheid van de meerval, brasem, aal en steur is wel aangetoond.

De wilde karpers kwamen tot het begin van de twintigste eeuw veel in de rivieren en het IJsselmeer voor, maar door de massale uitzettingen van gekweekte karpers in de twintigste eeuw trad al snel vermenging met gekweekte karpers op. Tegenwoordig wordt op de grote rivieren geen wildtype karper meer gevangen.

Wilde karpers staan op de Europese lijst van bedreigde diersoorten. Het is dus belangrijk dat er duidelijkheid ontstaat over de status en de verspreiding van de Nederlandse wilde karper. Ook in Nederland wordt de boerenkarper waarschijnlijk bedreigd door vermenging met grote hoeveelheden uitgezette karpers.

Sportvisserij en uitzettingen
Tegenwoordig wordt de karper regelmatig uitgezet ten behoeve van de sportvisserij. Uitzetten blijkt veelal noodzakelijk omdat de omstandigheden (temperatuur, roofvissen, beroepsvisserij) van het Nederlandse water niet optimaal zijn voor voortplanting. Karpervissen is sinds begin jaren negentig erg populair geworden vanwege de kracht en omvang (gewicht) van de dieren. Ook de in Engeland ontwikkelde selectieve wijze van vissen met boilies, het "bolt rig" systeem (zelfhaaksysteem) met elektronische beetverklikker heeft zeker tot de populariteit bijgedragen. Karpers komen nu bijna wereldwijd voor. In Noord-Amerika en Australië wordt de soort als een plaag gezien en bestreden. Ook in Zuid-Afrika komt de karper voor.

De karper als siervis
Meestal wordt de term Koi gebruikt voor de gekweekte felgekleurde variant die als siervis in vijvers wordt gehouden. Deze vissen worden, afhankelijk van de kleur en de tekening, soms voor grote bedragen verkocht. Met name in Japan is het houden en kweken van Koi als populaire bezigheid ontstaan. Ondertussen zijn er Europese en Israëlische varianten die respectievelijk EuroKoi en Israëlische Koi worden genoemd. Enkel in Japan zelf betekent het Japanse woord Koi (karper) de "consumptievis-karper", terwijl Nishikigoi verwijst naar de sierkarper.